根据《高新技术企业认定专项审计指引》的要求，高新专项审计研发费用审计实质性程序有如下内容。
对于内控制度薄弱或研发费用频率不高的企业，实施实质性程序是更为有效的方法。

一、实质性程序基本要求
1、在风险评估的基础上，确定细节测试的范围和样本规模，将抽样风险降至可接受的低水平。
2、根据实际情况，确定实施实质性分析程序的内容。
二、实质性程序具体内容
1、获取研究开发费用结构明细表，复核加计是否正确。
2、检查研究开发费用结构明细表中列报的研究开发项目是否符合《高新技术企业认定管理工作指引》的相关规定，包括：
①获取申报企业按单一项目填报的企业研究开发项目情况表，并取得各研究开发项目的有关立项批复，如董事会或类似权力机构的决议、政府有关主管部门的立项计划或批复等；
②取得各项研究开发项目的实施方案、阶段性报告或工作总结、验收报告或政府有关主管部门的批复等；
③关注各项研究开发项目是否属于常规性升级或对某项科研成果的直接应用，必要时，利用专家的工作。
3、根据实际情况，实施下列实质性分析程序：
①将各项研究开发项目的研究开发费用项目（科目）进行结构性分析，判断其合理性，作出相应记录；
②将各项研究开发项目的研究开发费用的实际金额与预算金额进行比较，并记录差异的原因。
4、检查研究开发费用项目（科目）的分类、各项目（科目）归集范围和核算内容是否符合《高新技术企业认定管理工作指引》的相关规定，若存在费用分类错误，提请申报企业调整。
5、人员人工
①获取申报企业编制的研究开发人数统计表和申报企业缴纳职工“五险一金”的相关资料，检查两者之间是否相符，必要时，抽查劳动合同；
②检查研究开发人数统计表中研发人员的认定是否符合《高新技术企业认定管理工作指引》的相关规定；
③对各研究开发项目企业研究开发项目情况表中的本项目研发人员数进行汇总，将汇总数与研究开发人数统计表中的合计数核对，并记录差异的原因；
④检查工资发放记录、奖金核准及发放记录，核实人员人工中的基本工资、津贴、补贴等以及奖金、年终加薪与相关记录是否相符；
⑤检查管理层相关决议及相关支付记录，核实与研发人员任职或者受雇有关的其他支出（包括股份支付，同时取得股东大会决议及监管部门批复）与相关资料是否相符；
⑥检查是否存在将非研发人员工资薪金列入研究开发费用的情况，若有，提请申报企业调整；
⑦若存在人工相关费用在各项研究开发项目之间的分摊，检查分摊方法是否合理且前后各期是否保持一致。
6、直接投入
①检查开支范围是否符合《高新技术企业认定管理工作指引》的相关规定；
②检查为实施研究开发项目而购买的原材料等相关支出，例如，水和燃料（包括煤气和电）使用费等，用于中间试验和产品试制达不到固定资产标准的模具、样品、样机及一般测试手段购置费、试制产品的检验费等，以及用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费，核实其是否与相关原始凭证相符；
③对以经营租赁方式租入的固定资产所发生的租赁费，检查相关合同或协议、付款记录；
④检查是否存在将为实施研究开发项目以外的项目而发生的采购费用、水电费、租赁费等列入直接投入的情形，若有，提请申报企业调整；
⑤检查是否存在将达到固定资产、无形资产确认标准的支出一次性计入直接投入的情形，如不符合规定，提请申报企业调整。
7、折旧费用与长期待摊费用摊销
①检查是否属于为执行研究开发活动而购置的仪器和设备或研究开发项目在用建筑物的折旧费用；
②检查固定资产折旧计提、长期待摊费用摊销所采用的会计政策、会计估计是否与财务报表所采用的一致，且前后各期是否保持一致，折旧或摊销的计算是否正确；
③对于研究开发项目和非研究开发项目共用的资产，检查折旧或摊销的分配方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分配的金额是否正确。
8、设计费用
①检查是否为新产品和新工艺的构思、开发和制造，进行工序、技术规范、操作特性方面的设计等所发生的费用；
②检查设计费用的核准、支付是否符合内部管理办法的规定，是否与原始凭证相符；
③检查是否存在列入与研究开发项目无关的设计费的情形，若有，提请申报企业调整。
9、设备调试费
①检查是否属于工装准备过程中研究开发活动（如研制生产机器、模具和工具，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等）所发生的费用；
②检查相关费用的核准、支付是否符合内部管理办法的规定，是否与原始凭证相符；
③检查是否存在列入为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备及工业工程发生的费用的情形，若有，提请申报企业调整。
10、无形资产摊销
①检查是否属于因研究开发活动需要而购入的专利、非专利发明、许可证、专有技术、设计和计算方法等所发生的费用摊销；
②取得相关无形资产初始购置时的协议或合同、发票、付款凭证等，检查无形资产原值的确认是否正确；
③检查无形资产摊销的政策是否正确，且前后各期是否保持一致，摊销的金额是否正确；
④检查是否存在列入与研究开发项目无关的其他无形资产摊销的情形，若有，提请申报企业调整。
11、其他费用
①检查是否属于为研究开发活动所发生的其他费用，如办公费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等；
②检查相关费用的核准、支付是否符合内部管理办法的规定，是否与原始凭证相符；
③检查是否存在列入与研究开发项目无关的其他费用的情形，若有，提请申报企业调整；
④若存在其他费用在研究开发项目与其他项目之间分摊的情形，检查分摊方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分摊的金额是否正确；
⑤检查列报的其他费用是否超过研究开发费用总额的20%，若超过20%，提请申报企业调整；
⑥检查研究开发费用中列支的借款费用是否符合资本化条件，资本化金额的计算是否正确。
12、委托外部研究开发投入
①检查是否属于申报企业委托境内其他企业、大学、研究机构、转制院所、技术专业服务机构和境外机构进行研究开发活动所发生的费用，关注项目成果是否为申报企业拥有且与申报企业的主要经营业务紧密相关；
②检查委托外部研究开发费用的定价是否按照非关联方交易的原则确定；
③取得相关协议或合同、付款记录，检查其是否与账面记录相符；
④检查是否存在列入研究开发项目以外的其他委托外部支出的情形，若有，提请申报企业调整；
⑤检查研究开发项目中委托外部研究开发的投入额是否按80%计入研究开发费用总额，若超过80％，提请申报企业调整；
⑥检查是否存在列入委托境外机构完成研究开发活动所发生的费用的情形，若有，提请申报企业调整。
13、选择重要或异常的研究开发费用，检查费用的开支标准是否符合申报企业的相关规定，原始凭证是否合法，金额计算和会计处理是否正确。
14、检查是否存在向关联方支付研究开发费用的情形，若有，应关注计价是否公允，原始凭证是否合法，会计处理是否正确。
15、抽取会计年度终了日前、后若干天的记账凭证，实施截止测试，若存在异常迹象，考虑是否有必要追加审计程序，对于重大跨期项目，提请申报企业调整。
16、检查研究开发费用的列报与披露是否恰当。
三、研究开发费用总额占销售收入总额比例的复核
根据《高新技术企业认定管理办法》的规定，高新技术企业认定必须满足最近三个会计年度研究开发费用总额占销售收入总额一定比例的要求，具体要求如下：
（1）最近一年销售收入小于5,000 万元的企业，比例不低于6%；
（2）最近一年销售收入在5,000万元至20,000 万元的企业，比例不低于4%；
（3）最近一年销售收入在20,000 万元以上的企业，比例不低于3%。
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。
结合审定的研究开发费用，复核研究开发费用总额占销售收入总额比例的常用程序如下：
（1）获取经具有资质的会计师事务所审计的申报企业最近三个会计年度的财务报表。
（2）复算加计最近三个会计年度的销售收入，按《高新技术企业认定申请书》填报说明，销售收入是指产品收入和技术服务收入之和。
（3）复算加计最近三个会计年度的研究开发费用。
（4）复算研究开发费用总额占销售收入总额的比例，与申报企业计算的结果核对是否一致。
（5）复算在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例，与申报企业计算的结果核对是否一致。
以上是对高新专项审计研发费用审计实质性程序的具体介绍。
 

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