根据中国注册会计师协会颁布的《高新技术企业认定专项审计指引》的要求，上海高新技术企业认定专项审计目标和要求如下：

一、上海高新技术企业认定专项审计目标
1、对研究开发费用结构明细表是否在适用的会计准则和相关会计制度框架下，按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定编制;是否在所有重大方面公允反映审计期间的研究开发费用情况。
2、对高新技术产品（服务）收入明细表是否在适用的会计准则和相关会计制度框架下，按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定编制;是否在所有重大方面公允反映审计期间的高新技术产品（服务）收入情况。
二、上海高新技术企业认定专项 审计要求
1、初步风险评估
在接受委托时要进行初步风险评估并签订审计业务约定书。
2、实施风险评估程序
通过了解企业及其环境、性质、对会计政策的选择与运用、目标、战略以及相关经营风险和财务业绩的衡量与评价来评估明细表层次以及各类交易、列报认定层次的重大错报风险。
3、了解内部控制
如果认为仅通过实施实质性程序不能获取充分、适当的审计证据，考虑依赖相关的内部控制。通过对内部控制的了解来设计和实施进一步审计程序。
 3、实施控制测试
风险评估程序一般不足以获得充分、适当的审计证据，如果实施实质性程序也不足以取得充分、适当的审计证据时，应实施控制测试，以获取其运行有效的审计证据。
4、实质性程序
针对评估的重大错报风险，通过细节测试和实质性分析程序等实质性程序来发现认定层次重大错报以获取充分、适当的审计证据。
5、由于审计的固有限制，高新技术企业认定专项 审计是对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新 技术产品（服务）收入明细表不存在重大错报获取合理保证，而不是获取绝对保证。
以上是中国注册会计师协会颁布的《高新技术企业认定专项审计指引》中对上海高新技术企业认定专项 审计目标和要求的具体规定。

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