一、用途不同：

　　1、高新技术企业审计中的研发费用是指高新企业在研发活动中发生的费用，主要用于考核研发费用占销售收入的比例是否符合高新企业的要求。

　　2、税前加计扣除研发费用是指企业所得税清算时可以税前加计扣除(在按规定据实扣除的基础上，按照本年度实际发生额的50%，从本年度应纳税所得额中扣除)研发活动中实际发生的费用。

　　二、范围不同：

　　1、高新企业研发费用采用“正列举”(电子信息 、生物与新医药、航空航天 、新材料 、高技术服务 、新能源与节能、资源与环境 、先进制造与自动化 )的方法，只要是在列举的行业内的企业都包括在内。

　　2、税前加计扣除研发费用采用“反列举”(烟草制造业 、住宿和餐饮业 、批发和零售业 、房地产业 、租赁和商务服务业、娱乐业 )的方法，只要是在列举的行业内的企业都不包括在内。

　　三、内容不同：

　　1、研发费用加计扣除中人员指的是“从事研发活动人员”，而高新技术企业认定中是“企业科技人员”，叫法不同，意味着范围不同。加计扣除中的研发人员包括企业直接从事研发活动人员包括研究人员、技术人员、辅助人员。高新认定中除了研发人员外，还包括专门从事上述活动的管理和提供直接技术服务的人员。需累计实际工作时间在183天以上。

　　2、直接投入费用中固定资产范围不同：研发费用加计扣除中对通过经营租赁方式租入的用于研发活动的租赁费用仅限于仪器、设备;而高新认定中对经营租赁方式租入的凡是固定资产均可计入，包括房屋、建筑物等，范围上大于研发费用加计扣除。同时，相应的折旧也不同。

　　3、其他相关费用比例控制要求不同：高新企业研发费用的其他相关费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的20%。研发费用加计扣除中的其他相关费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%.

　　4、委托外部研究开发费用的范围不同：高新技术企业审计研发费用中的委托外部研究开发费用(包括委托境内外机构或个人，但在中国境内发生的研究开发费用不低于60%)。税前加计扣除研发费用仅指委托境内外机构或个人，不包括委托境外机构或个人。

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