根据《高新技术企业认定管理工作》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定，申报企业需要提供最近三年的年报审计报告和最近三年的研发费用和最近一年高新收入专项审计报告。那么，高新技术企业认定审计主要审什么？按照《高新技术企业认定专项审计指引》的要求，高新技术企业认定审计主要审如下内容：

一、高新技术企业认定审计主要审什么？
1、对申报企业最近三个会计年度的研究开发费用结构明细表进行审计，对其是否在适用的会计准则和相关会计制度框架下，按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定编制出具专项审计报告发表审计意见。
2、对申报企业最近一个会计年度的高新技术 产品（服务）收入明细表进行审计，并对其是否在适用的会计准则和相关会计制度框架下，按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定编制出具专项审计报告发表审计意见。
二、高新技术企业认定审计程序
1、了解申报企业基本情况，考虑自身独立性和专业胜任能力，在初步评估风险的基础上，确定是否接受业务委托。
2、在承接业务时，注册会计师应当与申报企业就业务性质、审计范围、时间要求、审计收费、专项审计报告的格式和内容，以及专项审计报告的分发和使用等达成一致意见并签订业务约定书。
3、 在执行高新技术企业审计认定业务时，注册会计师应当实施风险评估程序，识别和评估研究开发费用结构明细表和高新技术产品 （服务）收入明细表的重大错报风险。
4、风险评估程序本身并不足以为发表审计意见提供充分、适当的审计证据，注册会计师还应当在实施风险评估程序的基础上设计和实施进一步审计程序，包括实施控制测试和实质性程序，获取充分、适当的审计证据，得出合理的审计结论，作为形成审计意见的基础。
5、注册会计师应按照审计准则执行高新技术企业审计认定业务，能够对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新 技术产品（服务）收入明细表不存在重大错报获取合理保证。
6、由于审计中存在的固有限制影响注册会计师发现重大错报的能 力，注册会计师不能对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新技 术产品（服务）收入明细表不存在重大错报获取绝对保证。
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